この結果、軍部政府は日蓮正宗ではなく創価教育学会をターゲットにし、同年7月6日に牧口会長は伊豆の下田で、戸田理事長は東京で特高刑事に連行逮捕されました。容疑は不敬罪（ふけいざい）と治安維持法違反（ちあんいじほういはん）です。残された家族は非国民として近所から白い目で見られました。創価教育学会はこうして幹部が逮捕されたことで壊滅状態となりました。
ご高齢の牧口会長（73歳）は、翌年、東京拘置所内でご逝去されました。
戸田理事長は、獄中生活を耐え抜いて昭和20年7月3日に出獄され、理事長として学会の再建に着手されました。このとき、会の名称を「創価学会」にあらためました。
敗戦後の日本は、荒廃の中、新興宗教が乱立しました。それだけ民衆は苦しみに打ちひしがれていたのでしょう。
創価学会が、テレビ、新聞、雑誌で取り上げられる場合は意図的に悪意をもって戦後の新興宗教の一つとして取り上げられます。どうしても新興宗教と言いたいのであれば、鎌倉時代（13世紀）の新興宗教とされてはいかがかと思います。